SISA wurde 1972 unter dem Namen Studio Computer SA in Lugano gegründet. 5 Mitarbeiter waren die Gründerväter und arbeiteten mit einem führenden  IBM System 360/20 mit 16 KB Hauptspeicher, 20 MB Disk, einer Lochkartenstanzmaschine und 2 Magnetbändern. Das Angebot beinhaltete  Computerleistungen für die Bereiche Salärabrechnung, Buchhaltung und weitere Software im eigenen Rechenzentrum.

Schon nach kurzer Zeit hat sich SISA auf den Bereich Logistiksoftware für international tätige Speditionsfirmen spezialisiert. Mit dieser neuen Ausrichtung wurde 1983 der Firmenname auf SISA Studio Informatica SA gewechselt. SISA hatte zu diesem Zeitpunkt 10 Mitarbeiter.

1984 wurde SISA Pilotpartner der Eidgenössischen Zollverwaltung für das wegweisende Projekt Zoll84 und begründete so die Pionierrolle als Entwicklungshaus und Anbieter von elektronischen Zollsystemen für die Schweiz.

1989 wurde in Lenzburg die erste Niederlassung in der Deutschschweiz eröffnet. 1990 erfolgte der Umzug nach Reinach (BL), wo SISA heute noch ihre Deutschschweizer Niederlassung hat. Der Hauptsitz bleibt weiterhin Tessin.

Immer mehr hat SISA auch das Know-how als IT-Spezialist für Netzwerke und Infrastruktur ausgebaut. Die langjährige Partnerschaft mit IBM Schweiz unterstreicht dies ebenfalls.

Zur Jahrtausendwende hat SISA 40 Mitarbeiter und „goes back to the roots“ als Rechenzentrumsanbieter. Ab dem Jahr 2000 ist die SISA-Software nicht mehr ausschliesslich als Lizenzsoftware verfügbar sondern kann auch als Rechenzentrumsleistung bezogen werden.

Heute beschäftigt SISA 50 Mitarbeiter in Reinach und Taverne, ist mit Declare-it Schweizer Marktführer im Bereich Zollsoftware und hat bei über 200 Kunden in der Schweiz und dem grenznahen Ausland ihre Produkte erfolgreich implementiert. Ausserdem hat sich SISA auf die Fahne geschrieben ihr Wissen und Erfahrung an den Nachwuchs weiterzugeben und ist stolz darauf seit diesem Jahr vier Lehrlinge im Bereich IT und KV ausbilden zu können.