SISA è stata fondata nel 1972 a Lugano con il nome di Studio Computer SA. I 5 collaboratori, che erano anche i fondatori, hanno iniziato a lavorare con un sistema IBM 360/20 con 16 KB di memoria principale, 20 MB di dischi, 2 dischi magnetici, ed una perforatrice di schede. Le prestazioni informatiche offerte erano le seguenti: un centro di calcolo nell'ambito dell'elaborazione dei salari, della contabilità e alcune diverse applicazioni.
Poco dopo, l'azienda si è orientata verso lo sviluppo e la consulenza nell'ambito della logistica, proponendo applicazioni per ditte di spedizioni attive internazionalmente. E' in occasione di questo riorientamento, che nel 1983 è nata la SISA Studio Informatica SA. In quel momento SISA contava 10 collaboratori.
Nel 1984 SISA diventava partner pilota dell'Amministrazione Federale delle Dogane (AFD) per l'allora innovativo progetto "Zoll84" e, di conseguenza, uno dei pionieri del sistema elettronico di sdoganamento in Svizzera.
Nel 1989 SISA aprì la prima succursale in Svizzera interna che allora si trovava a Lenzburg. Un anno dopo, SISA sposta la sua filiale a Reinach (BL), dove è rimasta fino alla fine del 2018 prima di trasferisi ad Aesch. La sede principale resta sempre in Ticino.
SISA ha sviluppato il suo Know-How sempre più come specialista di reti ed infrastrutture IT. Questo viene sottolineato anche dalla lunga collaborazione con IBM in qualità di partner.
Alla fine dello scorso millennio, SISA ha raggiunto i 40 collaboratori, e torna alle origini, in qualità di fornitore di prestazioni su centro di calcolo. Dal 2000 le applicazioni SISA sono disponibili sia in licenza che come Software as a Service (SaaS).
Oggi SISA impiega 40 collaboratori a Taverne (TI) e a Aesch (BL), e con Declare-it è leader sul mercato svizzero nell'ambito delle soluzioni doganali, ed ha implementato i propri prodotti con successo presso più di 250 clienti in Svizzera, all'esterno e nelle zone di frontiera.
Inoltre, SISA si impegna a trasmettere le proprie conoscenze e competenze alle nuove generazioni. Infatti da qualche anno forma apprendisti nel settore IT.
Dal febbraio 2020 SISA Studio Informatica SA fa parte del Gruppo WiseTech Global.
WiseTech Global è uno sviluppatore e fornitore leader di soluzioni software per la logistica e i sistemi doganali globali. WiseTech Global Group serve oltre 12.000 clienti che utilizzano il software Cargowise One in 150 paesi. La SISA continua a focalizzarsi sulle esigenze svizzere dei suoi clienti del settore spedizioni e della dogana. Le competenze doganali, di spedizione e informatiche degli specialisti SISA possono così essere messe a disposizione in tutto il mondo.