SISA a été fondée en 1972 sous le nom de Studio Computer SA à Lugano. 5 collaborateurs fondateurs ont débuté avec un système IBM 360/20 avec 16 Ko de mémoire principale, 2 unités de disques (disques magnétiques de 10 Mo), une machine à perforer les cartes et 2 bandes magnétiques. Les prestations proposées incluaient des services informatiques pour la comptabilité des salaires, la comptabilité et d'autres applications dans le propre centre de traitement de données.
Peu après SISA s'est spécialisée dans le domaine des logiciels de logistique pour les sociétés de transport de marchandises actives au niveau international. C’est à l’occasion de cette réorientation que SISA Informatica SA est née en 1983. À cette époque SISA comptait 10 collaborateurs.
En 1984 SISA devenait partenaire pilote de l’Administration fédérale des douanes (AFD) pour le projet autrefois innovateur Zoll84 et fut par conséquent un des pionniers du système électronique de dédouanement en Suisse.
En 1989 SISA a ouvert la première succursale en Suisse alémanique à Lenzburg. Un an plus tard, celle-ci a été transférée à Reinach (BL), où elle est restée jusqu'à fin 2018 avant de s'installer à Aesch. Le siège principal reste toujours au Tessin.
SISA a développé son savoir-faire en tant que spécialiste des réseaux et infrastructures IT. Le partenariat de longue date avec IBM Suisse faisant foi.
À la fin du millénaire SISA compte 40 collaborateurs, un retour aux sources est alors opéré: SISA redevient fournisseur de centre de calcul. À partir de 2000 le logiciel SISA est disponible en tant que licence mais également en tant que Software as a Service (SaaS) par le biais du centre de calcul.
Aujourd’hui SISA emploie 40 collaborateurs à Taverne (TI) et Aesch (BL). Elle est leader sur le marché dans le domaine des logiciels pour le dédouanement et a implémenté avec succès ses produits chez plus de 250 clients en Suisse ainsi que dans les pays limitrophes de la Suisse.
La SISA s'engage également à transmettre ses connaissances et son expérience à la prochaine génération. Depuis plusieurs années, elle forme des apprentis dans le domaine des technologies de l'informatique.
Depuis février 2020, SISA Studio Informatica SA fait partie du groupe WiseTech Global Group. WiseTech Global est un développeur et fournisseur leader de solutions logicielles pour les systèmes logistiques et douaniers mondiaux. Le WiseTech Global Group gère plus de 12 000 clients qui utilisent le logiciel Cargowise One dans 150 pays. SISA continue à se concentrer sur les exigences suisses de ses clients expéditeurs et douaniers. Les compétences des spécialistes de la SISA en matière de douane, d'expédition et d'informatique peuvent ainsi être étendues au monde entier.