SISA wurde 1972 unter dem Namen Studio Computer SA in Lugano gegründet. 5 Mitarbeiter waren die Gründerväter und arbeiteten mit einem IBM System 360/20 mit 16 KB Hauptspeicher, 20 MB Disk, einer Lochkartenstanzmaschine und 2 Magnetbändern. Das Angebot beinhaltete Computerleistungen für Salärabrechnung, Buchhaltung sowie weitere Software im eigenen Rechenzentrum.
Schon nach kurzer Zeit hat sich SISA auf den Bereich Logistiksoftware für international tätige Speditionsfirmen spezialisiert. Mit dieser neuen Ausrichtung wurde 1983 der Firmenname auf SISA Studio Informatica SA gewechselt. SISA hatte zu diesem Zeitpunkt 10 Mitarbeiter.
1984 wurde SISA Pilotpartner der Eidgenössischen Zollverwaltung für das damals wegweisende Projekt Zoll84 und begründete so die Pionierrolle als Entwicklungshaus und Anbieter von elektronischen Zollsystemen für die Schweiz.
1989 eröffnete SISA in Lenzburg die erste Niederlassung in der Deutschschweiz. Ein Jahr später verlegte SISA die Niederlassung nach Reinach (BL), wo sie bis Ende 2018 blieb, bevor sie in Aesch (BL) ihre neuen, modernen Büroräumlichkeiten bezog. Der Hauptsitz bleibt weiterhin im Tessin.
Immer mehr hat SISA auch das Know-how als IT-Spezialist für Netzwerke und Infrastruktur ausgebaut. Die langjährige Partnerschaft mit IBM Schweiz unterstreicht dies ebenfalls.
Zur Jahrtausendwende hat SISA 40 Mitarbeiter und „goes back to the roots“ als Rechenzentrumsanbieter. Ab dem Jahr 2000 ist die SISA-Software nicht mehr ausschliesslich als Lizenzsoftware verfügbar sondern kann auch als Software as a Service (SaaS) bezogen werden.
Heute beschäftigt SISA rund 40 Mitarbeiter in Taverne (TI) und Aesch (BL), ist mit Declare-it Schweizer Marktführer im Bereich Zoll- und Speditionssoftware und hat bei über 250 Kunden in der Schweiz und dem grenznahen Ausland ihre Produkte erfolgreich implementiert. Ausserdem hat sich SISA auf die Fahne geschrieben ihr Wissen und Erfahrung an den Nachwuchs weiterzugeben und bildet seit mehreren Jahren Lehrlinge aus.
Seit Februar 2020 ist SISA Studio Informatica SA Teil der WiseTech Global Group. WiseTech Global ist ein führender Entwickler und Anbieter von Softwarelösungen für globale Logistik- und Zollsysteme. Die WiseTech Global Group betreut über 12'000 Kunden, welche die Cargowise One Software in 150 Ländern einsetzen. SISA fokussiert sich dabei weiterhin auf die Schweizer Anforderungen ihrer Speditions- und Zollkunden. Die Zoll-, Speditions- und IT-Kompetenz der SISA Spezialisten kann so auch weltweit zur Verfügung gestellt werden.